Interface
Préférences
Le menu Préférences permet d’accéder aux choix généraux de configuration sauvegardés :
dans le fichier
.thyrsis.ini
du répertoire de projet - celui de la base de données de calcul,dans le fichier
thyrsis.ini
du répertoire$HOME/.thyrsis
.
À la première utilisation du plugin, un dossier $HOME/.thyrsis
est créé et un fichier de configuration .thyrsis.ini
est créé avec valeurs par défaut. La fenêtre de Préférences est ouverte et doit être renseignée (cf. infra).
Lorsqu’un projet est ouvert à nouveau, ce sont les données du fichier .thyrsis.ini
du répertoire de la base de données qui sont prises en compte. Cela permet de définir des préférences pour chaque projet.
Installation

Figure 122 Menu Préférences, fenêtre Installation
Les préférences d’installation permettent de définir les emplacements des principaux fichiers et répertoires nécessaires au fonctionnement du plugin, à savoir :
Le chemin vers l’exécutable GMSH
Répertoire projet OpenFoam et répertoire d’installation PMF
Ses variables sont définies avec des valeurs par défaut. Merci de vérifier les valeurs avant d’utiliser THYRSIS.
le répertoire contenant les fichiers .vrt des fonds de carte d’intérêt général,
le fichier de configuration MPI, indiquant les ordinateurs à utiliser et le nombre de processeurs pour chacun d’eux, sous la forme :
tata:8
titi:8
toto:4
De plus, il est aussi possible de préciser :
le nombre de processeurs à utiliser pour la parallélisation des calculs,
le nombre maximum de colonnes 1D verticales à afficher,
le générateur de maillage à utiliser (GMSH ou CFMESH)
Important
Pour l’utilisation de CFMESH sous Windows, la version minimale pour OpenFoam est v2112. Il y a un problème pour l’utilisation de cfMesh avec les versions précédentes.
l’outil de simulation hydrogéologique utilisé (OPENFOAM ou METIS)
Enfin, deux cases à cocher permettent de préciser :
si les informations d’exécution sont à afficher dans la console,
si une impression détaillée est souhaitée (mode verbeux).
Variables

Figure 123 Menu Préférences, fenêtre Variables
Les préférences de variables permettent de spécifier les grandeurs à évaluer et stocker, parmi :
potentiel,
vitesse de Darcy,
concentration,
activité,
saturation,
et les paramètres d’affichage, en définissant :
l’unité,
l’échelle,
le nombre de classes.
L’échelle définit le rapport de la valeur minimale à afficher, à la valeur maximale de la grandeur considérée, telle qu’obtenue par la simulation numérique. Cette échelle est de 0.001 par défaut, mais une valeur inférieure permet de mieux visualiser l’extension d’un panache.
Le nombre de classes définit le nombre de codes de couleur à utiliser pour l’échantillonnage de la grandeur considérée.
Cette fenêtre de préférences permet également de définir l’unité de masse pour l’affichage du bilan de masse et de cocher une case évitant l’affichage des unités, à des fins de communication.
Animation

Figure 124 Menu Préférences, fenêtre Animation
Cette fenêtre permet seulement de définir le nombre d’images par secondes, utilisé dans la construction d’une vidéo.
Matplotlib

Figure 125 Menu Préférences, fenêtre Matplotlib
Cette fenêtre de préférences permet de configurer certains paramètres d’affichage de matplotlib :
taille des étiquettes de graduation,
taille de la police du titre des ordonnées,
taille de la police de la légende.
Base de données

Figure 126 Menu Préférences, fenêtre base de données
Cette fenêtre de préférences permet de définir une connexion à une base de données expérimentales.
Le bouton Synchroniser la base expérimentale avec la base site permet de charger dans la table de mesures de la base sites.sqlite les forages et leurs caractéristiques, ainsi que les points d’intérêt et les mesures de niveau piézométrique et de concentration disponibles en ces points.
Fenêtres
Fenêtre 2D

Figure 141 Exemple de fenêtre 2D, avec affichage de résultats de simulation
La fenêtre 2D est la fenêtre centrale de QGIS. En interaction avec la fenêtre “Couches”, elle permet de représenter en 2D, sur des fonds cartographiques variés, les grandeurs caractéristiques du modèle hydrogéologique :
noeuds du maillage,
maillage,
points d’intérêt,
forages,
contours,
potentiel (niveau piézométrique),
perméabilité,
altitude topographique (MNT),
altitude du mur de l’aquifère,
vitesse de Darcy,
épaisseur de la zone non saturée,
épaisseur de la nappe (en régime permanent),
potentiel de référence, qui est un champ de potentiel obtenu par interpolation de données piézométriques, et qui a pu servir pour l’élaboration du modèle hydrogéologique, par inversion.
Les zones d’injection, définies dans l’Onglet Thyrsis, s’affichent dans la fenêtre 2D.
À l’issue d’un calcul, les résultats s’affichent également, la date d’affichage et la variable à afficher étant contrôlées par la Barre de menu.
Onglet Thyrsis

Figure 142 Exemple de fenêtre Thyrsis, permettant de spécifier et caractériser les zones d’injection
L’onglet THYRSIS permet de spécifier et caractériser les zones d’injection.
Les premières grandeurs à renseigner sont :
le nom de la simulation,
l’élément chimique à considérer, accessible par un menu déroulant,
le coefficient de rétention (ou de partage) et, dans le cas d’une injection de masse, la limite de solubilité,
la date de début de la simulation, au format JJ/MM/AAAA [hh:mm:ss],
un ensemble de couples (durée, pas de temps), définissant les dates de sortie des résultats.
Puis le type d’injection est à sélectionner en cliquant sur le bouton adapté :
flux,
concentration,
masse.

Figure 143 Exemple de fenêtre THYRSIS, permettant de définir un flux sur une zone d’injection
Selon le bouton sélectionné, les champs à renseigner diffèrent, comme indiqué à la section injection. Un volume d’eau non nul correspond à une fuite et induit une simulation d’écoulement en régime transitoire.
Il est possible d’ajouter autant d’injections que souhaité en appuyant à nouveau sur le bouton sélectionné, mais il n’est pas possible de mélanger plusieurs types d’injection au sein d’une même simulation.
Les coordonnées du centre de la zone d’injection peuvent être entrée manuellement ou en cliquant sur : \({\odot}\) et en désignant le point avec la souris.
De même, la surface peut être définie manuellement dans le champ Surface, ou calculée automatiquement en cliquant sur et en dessinant la zone concernée directement dans la fenêtre 2D.
En bas de l’onglet THYRSIS, trois boutons permettent d’annuler ou d’enregistrer les modifications, et de lancer les calculs :
Le bouton “Annuler” permet d’annuler les modifications en cours et de recharger les informations telles qu’elles sont enregistrées dans la base de calcul.
Le bouton “Enregistrer” permet de sauvegarder les modifications des injections (données et géométries) dans la base de calcul.
Forage

Figure 144 Exemple de log stratigraphique s’affichant dans la fenêtre de forage
Lorque les informations de stratigraphie et de lithologie sont renseignées dans la base sites.sqlite, le log stratigraphique peut être affiché dans la fenêtre Forage, en cliquant sur le bouton |forage| de la barre de menu, et en sélectionnant directement dans la fenêtre 2D le forage d’intérêt. Si le taux de fracturation est connu, celui est representé en correspondance du log stratigraphique.
Cette représentation graphique est fondée sur différentes codifications présentées en annexe Logs stratigraphiques :
la codification de l’échelle des temps géologiques du BRGM,
le code colorimétrique RGB de la Commission Mondiale des Cartes Géologiques (CGMW),
la codification USGS des figurés.
Fenêtre 3D

Figure 145 Exemple de fenêtre 3D
La fenêtre 3D permet une représentation en trois dimensions des trois niveaux suivants :
altitude du mur de l’aquifère,
le potentiel (niveau piézométrique),
l’altitude topographique (MNT).
Si des résultats de simulation sont disponibles, ils s’affichent sur la couche potentiel, avec le code de couleur défini en 2D.
Cette fenêtre est contrôlée via les options de la fenêtre “Paramètres 3D” :
le curseur permet d’ajuster l’échelle verticale,
des cases à cocher permettent d’afficher ou non :
la texture,
les contours,
les forages,
les points de calcul.
La couleur du terrain (MNT) et des contours peut être modifiée.
Zone non saturée (ZNS)

Figure 146 Exemple de résultats s’affichant dans la fenêtre dédiée à la zone non saturée
La fenêtre ZNS offre une représentation de l’évolution temporelle des variables simulées, dans les colonnes de zone non saturée modélisées.
Ces variables et leurs unités doivent être sélectionnées dans les menus déroulants de la barre de menu de la fenêtre.
Quelques options sont proposées, relatives à la légende :
Mise à jour automatique de la légende : la légende s’adapte aux valeurs selon la date courante. Sinon, la légende est calculée sur l’ensemble des dates simulées.
Légende : cette action ouvre une fenêtre permettant de personnaliser la légende,
Position légende : permet de positionner la légende à gauche, à droite ou sous les colonnes.
Fenêtre 1D
Les courbes d’évolution temporelle s’obtiennent à l’aide des boutons et
dans la Barre de menu, et sont tracées dans une fenêtre ancrable :
trace l’évolution temporelle du bilan de masse (s’il existe).
trace l’évolution temporelle de la variable sélectionnée dans le menu déroulant de la Barre de menu , pour les points sélectionnés à l’aide de la souris dans la fenêtre 2D de QGIS.

Figure 147 Exemple de représentation 1D de l’évolution temporelle du bilan de masse

Figure 148 Exemple de représentation 1D de l’évolution temporelle du potentiel, avec affichage des points de mesure